2018年の前回調査同様、好きな教科・嫌いな教科ともトップは「数学」となった。

「好き」が16.2％に対し、「嫌い」は22.3％と、「嫌い」が「好き」を上回っている。2021年に同時に行われた小学生の調査と2020年度調査の中学生の結果も合わせると、小学校から高校まで「算数・数学」が好き・嫌い共に不動のトップであると言える。男女別にみると、男子の方が「好き」な割合が高く、女子の方が「嫌い」な割合が高いという傾向も変わらないが、小中学生に比べ、高校生ではその差は縮まっている。

好きな教科では、前回の2018年度調査で2位（11.3％）だった「国語」が6位（8.2％）になり、5位（9.2％）だった「外国語」が3位（11.2％）に上がっているが、2位から6位までは12.2～8.2％と数ポイントの差に収まっているため、このデータから人気を分析することは難しい。

嫌いな教科については2位「外国語」（16.8％）、3位「国語」（12.0％）で、前回の2018年度調査の順位と変わらない。これは2020年度調査の中学生の嫌いな教科の2位「国語」（14.2％）、3位「外国語」（15.0％）と比べると順位は入れ替わっているが、大きくは変わらないと言える。嫌いな教科については、小学生の「英語」を別にすれば、総じて、「算数・数学」「国語」「外国語」が小学生～高校生のトップ3であると言えそうだ。